W 1939 roku w wyniku ataku III Rzeszy na Polskę i przegranej wojny obronnej nastał okres okupacji. Kraków stał się miastem, któremu wyznaczono rolę stolicy marionetkowego Generalnego Gubernatorstwa. Stąd miała płynąć na całe ziemie polskie fala germanizacji wszystkich dziedzin życia. Najpierw jednak należało wyeliminować polskie elity intelektualne. Niemcy w krótkim czasie przystąpili do tego z dużą brutalnością.
Zajęcie Krakowa i pierwsze działania niemieckie.
Po ataku niemieckim w pierwszych dniach września 1939 r. Kraków bardzo szybko znalazł się na linii działań wojennych. W wyniku przegranej bitwy granicznej oddziały Wehrmachtu zajęły miasto w dniu 6 września. Rozpoczęły się pierwsze prześladowania i egzekucje. Niemcy wprowadzili zarząd komisaryczny miasta. W krótkim czasie zaczęto realizować plany utworzenia Generalnego Gubernatorstwa, którego stolicą miał być Kraków. Decyzję o jego powstaniu ogłoszono 12 października, a w życie miała wejść 26 dnia tego miesiąca. Niemcy przystąpili również do likwidacji życia kulturalnego i akademickiego Krakowa. Uczelnie krakowskie na czele z Uniwersytetem Jagiellońskim zainaugurowały działalność w roku 1939/1940 i próbowały realizować zajęcia, jednakże taki stan pozornej normalności przetrwał tylko do początków listopada.
Sonderaktion Krakau i jej przebieg.
Już 3 listopada 1939 r. rektor prof. Tadeusz Lehr-Spławiński został zobowiązany przez wysoko postawionego oficera SS Brunona Müllera do organizacji ogólnego zebrania wykładowców w dniu 6 listopada. Miało ono dotyczyć niemieckich planów wobec nauki i szkolnictwa wyższego. Nie spodziewano się niczego o tak ogromnej skali brutalności i braku szacunku dla polskiej nauki. Profesorowie przybyli na miejsce dobrowolnie. Niektórzy spóźnialscy domagali się wpuszczenia na salę.
Zebranie, które miało miejsce w sali nr 66 im. Mikołaja Kopernika (obecnie nr 56 im. J. Szujskiego) w Collegium Novum okazało się podstępem. Brunon Müller przybył na miejsce w asyście policji, a następnie wygłosił krótkie oświadczenie. Zawarł w nim absurdalne zarzuty wobec profesorów o nielegalne otwarcie uczelni i wrogość wobec niemieckiej nauki. Wszyscy, poza obecnymi na sali kobietami, mieli być aresztowani. Jakikolwiek opór miał skutkować rozstrzelaniem. Profesorowie podjęli próbę obrony, jednak Stanisław Estreicher nie został dopuszczony do głosu a rektorowi Lehrowi-Spławińskiemu zakomunikowano, iż on jako pierwszy trafi do więzienia.
Ogółem zatrzymano 183 osoby, w tym większość z UJ (142 wykładowców i 3 studentów) oraz Akademii Górniczej (21 osób). Pozostali byli związani z Akademią Handlową, Uniw. Stefana Batorego w Wilnie, Kat. Uniw. Lubelskim, szkołami wyższymi Krakowa. Kilka osób zostało także aresztowanych zupełnie przypadkowo. Dwóm kobietom Helenie Willman-Grabowskiej i Jadwidze Wołoszyńskiej pozwolono opuścić salę.
Dalsze losy profesorów i pamięć o wydrzeniu
Aresztowanych profesorów osadzono najpierw w więzieniu na Montelupich, a następnie w koszarach 20 pułku piechoty na ul. Mazowieckiej (obecnie Wrocławska). Pod koniec listopada zostali przewiezieni do Sachsenhausen. Wielu spośród zatrzymanych profesorów było wiekowymi, często schorowanymi ludźmi, którzy nie byli w stanie przetrwać warunków obozu koncentracyjnego. Dobrowadziły one do pogorszenia stanu zdrowia i śmierci kilku z nich, między innymi Antoniego Meyera, Stanisława Estreichera. Michała Siedleckiego, Kazimierza Kostaneckiego i Ignacego Chrzanowskiego.
Wkrótce doszło jednak do międzynarodowych protestów (m.in. Benito Mussoliniego) i w dniu 8 lutego 1940 wypuszczono 101 uwięzionych poniżej 40 roku życia. Kilku z nich w wyniku wycieńczenia zmarło w krótkim czasie od wyjścia na wolość. Ogółem pobyt w obozie przypłaciło życiem 13 profesorów. Pozostali, w marcu 1940 roku, zostali przewiezieni do Dachau, gdzie mieli spędzić jeszcze 19 miesięcy. Również tam kilku polskich naukowców poniosło śmierć.
Jaki był los krakowskich szkół wyższych po listopadowej akcji? Hitlerowcy zamknęli wszystkie uczelni, w tym uniwersytet, a w kwietniu 1940 r. w Collegium Maius otwarto Instytutu Niemieckich Prac na Wschodzie (Institut für Deutsche Ostarbeit), mający dokumentować domniemany niemiecki charakter ziem polskich.
Obecnie, w rocznicę wydarzeń z listopada 1939 r., organizowane są Akademickie Dni Pamięci. Przedstawiciele wyższych uczelni Krakowa wspominają swoich pracowników poprzez wizyty na grobach na Cmentarzu Rakowickim czy Salwatorskim. Często imprezy te powiązane są z konferencjami naukowymi oraz uroczystościami uczelnianymi o charakterze świeckim i religijnym. Przed salą 56 oraz w miejscach gdzie przebywali profesorowie przez wywózką do obozów zostały umieszczone pamiątkowe tablice. Jedna z nich, zawierająca ziemię z Sachsenhausen i Dachau, ulokowana w 2000 roku pod Dębem Wolności przed Collegium Novum przypomina o tragicznym losie polskich naukowców w okresie II wojny światowej.
Proponowana trasa zwiedzania.
Collegium Novum (sala 56, Dąb Wolności), Fabryka Schindlera, Więzienie Montelupich, Koszary 16 batalionu powietrzno-desantowego (ul. Wrocławska), Cmentarz Rakowicki, Cmentarz Salwatorski